平静的生活很快被世界各地频发的“昏迷事件”打破。随着被选中的孩子越来越多，数码宝贝早已进入现实世界。但突然间，不少被选中的孩子陷入昏迷状态，他们身边的数码宝贝也消失得无影无踪。太一、阿和和光子郎他们很快发现这是因为一个名叫厄尔斯兽的新型数码宝贝导致的。为了让世界不陷入危机之中，这群初代主角们与数码宝贝又一起战斗起来，但太一的亚古兽和阿和的加布兽却进化失败。
他们被告知了一个残忍的事实：“你们知道为什么要从孩子们中选出数码宝贝的搭档吗？因为他们充满了可能。孩子们拥有通向未来无数的选择。他们通过选择，获得成长。这种选择与可能性的并存，将产生巨大的能量。你们也应该很清楚，使搭档数码宝贝发生进化的，正是你们自身的成长。”
