故事的舞台是在2020年的日本东京湾近郊，曾经被称为东京的地方。150年前发生的世界大战后，日本变成外国的殖民地被统治。经济富庶的地区只有极少部分，其实已经变成了贫富差距非常大的阶级社会。女主角的父亲某天突然失踪，从父亲留下的书信转进的学园，是专收拥有特殊家世后代，为了作育英才的超级名门学校，私立櫂宫学园。但是这个学园实际的面貌则是以分成了由女王为首的特权阶级、一般的平民阶级、与被当成垃圾般对待的奴隶阶级，有如中世纪一样金字塔型的阶级制度构成。学园的阶级分为蔷薇与石子、蜜蜂三个阶级，如同大家一开始预想的，学园内实行绝对的阶级制度。贵族是蔷薇阶级（高贵盛开的蔷薇），贫民则是石子阶级（被丢弃的石子），一般平民则是蜜蜂阶级（无名的蜜蜂）。故事会根据女主角的身分而有所变化，成为下位阶级就会被贵族轻视，相反的成为上位阶级的话就会被反对派当作敌人。此外，女主角ネリ所穿的制服也会因为所属阶级不同而有所改变。一开始以转学生进入时，她的制服是标准的西装制服，成为「蔷薇」阶级的话，则会变成长靴、澎澎的A字裙，加上代替外套的斗篷。如果变为奴隶阶级的「石子」阶级时，制服则会变成朴素色彩的毛衣外套加衬衫。顺带一提男性角色中，陆和レイ是「蔷薇」阶级，而十矢和ハル则是「石子」阶级。十矢本来应该穿著石子阶级的毛衣外套才正确，但他是挑战体制的反对派。因此似乎是故意把「蔷薇」阶级的上身作了一些改变，擅自穿的。学园中除了蔷薇、蜜蜂与石子三阶级外，最顶层是「女王」阶级。「女王」只有一人，一直都盖著面纱，身穿华丽的礼服，没有人见过她的真面目。每三个月会有一次「女王的茶会」，女王会在这天决定其他人阶级的升降，但不清楚升降级的标准为何。
