擅自对同伴出手，这晓组织显然是待不下去了，于是大蛇丸又叛离了晓，但很快就遭到了蝎和迪达拉的追杀。这一战可以看作大蛇丸的一次实战演练，这是他初次尝试秽土转生，复活了三代风影作战，虽然效果十分完美，被复活者不但拥有灵魂和生前的力量，而且还有不灭之躯，但控制力却不够，会被轻易挣脱，于是大蛇丸在蝎和迪达拉面前遁走，进行秽土转生之术的改良。
之后又过了数年的积累，大蛇丸实现了当年对兜说的话，他们建立了音忍村，培养了一批忍者，大多是各国流离失所的孤儿，因大蛇丸的意志聚集在了一起。大蛇丸给其中的精锐移植了地之咒印，也就是以君麻吕为首的“音忍五人众”，再加上北方据点的重吾，南方据点的香磷，音忍村的实力迅速壮大，甚至成为了被各国承认的村子，出现在了版图上，当然了，人们并不知道音忍村的首领是大蛇丸。
此时大蛇丸的秽土转生之术也已改良完成，同时找了一个年轻貌美的女性进行了不尸转生，大蛇丸的势力达到了巅峰期，这时，他开始打木叶村的主意了。也许是为了报父母之仇，也许是与团藏有暗中交易，也许是想引发战争，让自己的势力崛起，也许只是想向世人展示自己的研究成果，出于种种目的，大蛇丸动用了全部力量针对木叶。他和君麻吕一起干掉了四代风影，并用易容术伪装，以风影的身份控制了砂忍的力量，趁着木叶中忍考试的契机，以参赛的名义，让音忍和砂忍开进木叶村，而大蛇丸本人，乔装打扮后，也终于出现在了鸣人、佐助的面前。
