《元气少女缘结神》讲述了女主角奈奈生因好赌的父亲在欠债后离家出走后，被神秘男人赠予“家”与土地神一职，与神社神使巴卫一起开始生活的故事，奈奈生也开始了当土地神之路。
巴卫原本是侍奉御影神社土地神的神使，后视临时为土地神的奈奈生为主人。讨厌接触人类，开始与奈奈生不合，但随着对奈奈生了解的增加，一次又一次的帮助并一直拼命保护着奈奈生。其实不管过去还是现在，喜欢的人一直都是奈奈生~
在最终章里，巴卫变成了人类，奈奈生也迎来了自己的高中毕业。在朋友的祝福下她们结婚了，完美大结局。
比较遗憾的是奈奈生在还回土地神的身份后再也看不到那些神、妖怪朋友了！但分离是避免不了的，我们唯有做的不就是带着那些关心你的人的祝福，幸福地度过余生，不是吗?
